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磺化Cy3是Cy3的水溶型。它的光谱性质和Cy3类似，在荧光显微镜下发橘黄色荧光。它的荧光很亮，并且对pH不敏感，一般可以用530nm～561nm的激光束激发然后用TRITC的滤片观察，所以在绝大部分荧光仪器上都可以使用。标记后，样品背景荧光一般认为比TAMRA等系列的染料低。磺化Cy3可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸等各种生物分子。

伯胺基(primary amine)是生物标记反应中常用的基团。蛋白表面赖氨酸侧链(residue)官能团就是伯氨基，伯胺基可以和NHS活化酯(N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester)，异氰酸酯(-N=C=S，isothiocyanate)或其它活化基团反应生成稳定链接，从而把Cy3分子连接到目标分子上。

磺化Cy3-伯胺的水溶性极高，所以在标记反应中不需要使用有机共溶剂，特别适合标记对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy3水溶性极好，并且染料分子本身带电荷，标记到生物分子表面后不会引发疏水性聚集，提高荧光标记产物的稳定性。磺化Cy3-伯胺也溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，标记反应也可以在纯有机溶剂中进行

磺化Cy3-伯胺标记后的产物Ex/Em是550/566nm。和它具有相似荧光特性的染料包括TAMRA，Alexa Fluor 555，DyLight 550，BODIPY TMR-X等。

CAS号	2183440-43-7
分子式	C36H50N4O7S2
分子量	714.93
结构式
光谱特性	Ex/Em＝550/566nm(PBS缓冲液)
消光系数	150000L·mol-1·cm-1
量子产率	0.10
外观	红色粉末
溶解性	易溶于甲醇，DMF等有机溶剂，极易溶于水
保存条件	避光，干燥，-20℃保存

• 磺化Cy3水溶性高，极性强，如需脂溶性标记染料，请选择普通Cy3-伯胺(YF0105)。
  
• 标记时使用不含氨基的缓冲体系，比如磷酸钠缓冲液（PBS），Hepes缓冲液，碳酸氢钠缓冲液；或硼酸缓冲液等。不要使用任何含伯胺或仲胺的缓冲液，比如Tris，甘氨酸等，它们会和磺化Cy3上的伯胺竞争。高浓度咪唑(imidazole)也会影响反应。
  
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊。